- 天正13年加藤清正公が父君清忠公追善のため 日真上人を招き摂津に一宇を建立し、本妙寺と号す。
- 天正16年清正公肥後の大守になられ 同19年本妙寺を熊本城内に移す。
- 慶長10年後陽成天皇勅願道場の論旨を下され、 翌11年永代紫衣を勅許される。
- 慶長16年清正公熊本城内にて薨去、 遺言状により城西中尾山の中腹の現在地に御廟所を造営する。
- 慶長17年 頓写会起る
- 慶長19年城内の本妙寺焼失す。 よって、清正公御廟所の地たる現在地に移転し、 元和2年遷仏落慶法要を営む。
- 明治10年西南の役で大本堂焼失す。
- 明治17年十数年の工事を経て大本堂再建される。
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